יסודות הקפואירה הונחו במאה ה-16, בתקופת הכיבוש הקולוניאלי של פורטוגל בברזיל, שבה הובאו לברזיל עבדים ממערב אפריקה, בעיקר מסודאן, אנגולה, קונגו ומוזמביק. תהליך ההומוגניזציה שעבר על אוכלוסיות עבדים שונות אלו שימש זרז לפיתוחה של הקפואירה כאמצעי להגנה עצמית, שימור המסורת והעלאת מצב הרוח. ישנם היסטוריונים המאמינים כי הקפואירה הושפעה רבות גם בידי ילידי ברזיל האינדיאנים ותרבותם. העבדים, ששאפו לצאת לחופשי, היו חייבים להתאמן על מנת להילחם על חירותם, אולם לא יכלו להתאמן בלחימה עקב החשש שיתגלו בפעילות מעין זו וייענשו. על כן שילבו בלימודי הלחימה מוזיקה ותנועות של ריקוד, כדי שלא יעוררו כל חשד בשעה שהתאמנו.
ב-3 במאי 1888 הכריזה הנסיכה איזבל על ביטול העבדות בברזיל בזמן שאביה המלך היה בביקור בארצות הברית. שנה לאחר מכן, עם ההכרזה על רפובליקה פדראלית, איבדה הדת הקתולית את המונופול בברזיל, דבר שאיפשר לתרבויות האפריקאיות לצאת מהמחתרת בה התקיימו.
עם שחרורם נפוצו העבדים האפריקאים בערי המדינה. בשל מחסור קשה בתעסוקה נוצרו כנופיות פשע רבות על ידי עבדים משוחררים. הם המשיכו בתרגול הקפוארה, וכך נוצרה לה תדמית חתרנית ופושעת אשר הובילה להוצאתה מחוץ לחוק בשנת 1892.
למרות החקיקה המחמירה והאלימות המשטרתית כנגד העוברים על החוק, הקפוארה רק ירדה עמוק יותר למחתרת – הרודות (roda, הגיה:הוֹדָה, היא מעגל לחימה בה נלחמים שני קפואריסטות אחד כנגד האחר) הועברו למקומות שאיפשרו נתיבי מילוט רבים והלוחמים אימצו לעצמם כינויים על מנת להסוות את זהותם האמיתית.
הקפואריסטות אימצו מקצב בשם "קוואלריה" (cavalaria, הגיה:קָוָלָרִיָה) כדי להסוות את אימוני הקפוארה. ברגע שהיו מגיעים שוטרים לסביבה, היו עוברים לנגן קוואלריה עד אשר כולם קלטו כי השוטרים מגיעים, ואז שוב משנים את המקצב לסמבה ושני השחקנים שברודה היו עוברים מיד לריקוד כלשהו (כגון סמבה). עד 1920 עוד אסר החוק בברזיל על עיסוק בקפוארה.
בשנת 1937 הוזמן מסטרה בימבה (Mestre Bimba, הגיה: מֵסְטְרִי בִּימְבָּה, שמו היה "מנואל דוס רייס משאדו" Manoel dos Reis Machado) לארמון הנשיאות להדגים את אומנותו. לאחר מכן הוא זכה באישור לפתיחת בית הספר הראשון לקפוארה בברזיל, שם לימד קפוארה רג'יונל (ראו קבוצות וסגנונות), סגנון אשר נחשב לפרי פיתוחו.
בשנת 1942 פתח מסטרה פסטיניה (Mestre Pastinha) את בית הספר הראשון לקפואירה אנגולה במדינת באהיה. בסופו של דבר העביר הסנאט בברזיל חוק המכריז על הקפואירה כספורט לאומי, שני המורים זכו בהכרה כאבות הקפואירה וכיום היא נפוצה מאוד בברזיל (ואף נלמדת בקביעות על ידי חיילים בצבא) וגם ברחבי העולם.